Nur etwa 15-20% aller angeborenen Herzfehler stehen im Zusammenhang mit bekannten genetischen Erkrankungen (z.B. Trisomie 21, DiGeorge-Syndrom).Es wird davon ausgegangen, dass die meisten angeborenen Herzfehler durch eine Kombination von Genen und anderen Risikofaktoren, wie beispielsweise Umwelteinflüssen, verursacht werden. Die Einnahme von Medikamenten oder Drogen und Erkrankungen während der Schwangerschaft können die embryonale Entwicklung im Mutterleib beeinflussen.